從分子結構看，過硫酸氫鉀分子與過氧乙酸極其相似，過氧鍵分別與硫原子、碳原子連接，但是過硫酸氫鉀是無機物，其消毒有效成分是單過硫酸根離子（SOH5—），其穩定性要好于過氧乙酸。

        從分子結構看，過硫酸氫鉀應該是中性鹽，其水溶液的酸性是由于復合鹽中硫酸氫鉀溶解產生氫離子造成的。其對微生物殺滅機理可以解釋為：

        1、氧化作用，過硫酸氫鉀在水溶液條件下，釋放出新生態氧，直接對微生物細胞壁蛋白進行氧化反應。

        2、釋放自由羥基，干擾微生物的酶系統，迅速導致微生物蛋白分子失去活性。研究表明，過硫酸鉀在作用于小分子有機物時，例如較長鏈的醛、胺類有機物，促進反應發生的是自由羥基。